タンパク質流体力学半径計算機

タンパク質の流体力学半径（Rh）は、生物物理学的調査やタンパク質解析で用いられる重要なパラメータである。これは溶液中におけるタンパク質の大きさや形状に関する知見を与え、それらの挙動や相互作用を理解するために不可欠である。

計算式

流体力学半径（Rh）をナノメートル（nm）で推定するための経験式は次の通りである。

\[ Rh (nm) = 0.066 \times MW^{1/3} \times k \]

• MWはキロダルトン（kDa）単位の分子量である。
• kは形状因子であり、0.2（高度にコンパクトな構造の場合）から1.0（高度に伸長した構造の場合）まで変化する。

計算例

分子量が50 kDaで形状因子が0.6のタンパク質の場合：

\[ Rh = 0.066 \times (50)^{1/3} \times 0.6 \approx 1.12 \text{ nm} \]

重要性と使用例

流体力学半径は、構造生物学、生物物理学、創薬を含む様々な研究分野において、タンパク質を特徴づける上で不可欠である。この計算機は、科学者にとって、分子量と構造形状に基づいてタンパク質の大きさを推定する簡単な方法を提供する。

よくある質問

1. 流体力学半径とは何か？

   • 流体力学半径とは、溶液中を移動するタンパク質の有効な大きさであり、その形状と水和の両方を考慮している。

2. 形状因子が重要な理由とは何か？

   • 形状因子は、球状から逸脱するタンパク質の半径を補正し、より正確にその真の大きさを反映する。

3. 分子量はRhにどのように影響するか？

   • より大きな分子量は一般的により大きな半径に対応するが、その関係は非線形であり、タンパク質の形状に依存する。